| Titre : | Caractérisation phénotypique et moléculaire par séquençage du gène 16S d'Escherichia coli d'origine aviaire au Maroc |
| Auteurs : | EL MAINTAGUY Mohamed Amine ; FELLAHI Siham |
| Type de document : | texte imprimé |
| Editeur : | (s.l) : (s.e), 2022 |
| Format : | 121 |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | Escherichia coli ; APEC ; volaille ; colibacillose ; maladies aviaires ; antibiorésistance ; sérotypage ; arbre phylogénétique ; gène 16S ; 16S rRNA |
| Résumé : |
Les colibacilloses aviaires sont les maladies bactériennes les plus fréquentes dans le secteur avicole. Elles provoquent des pertes estimées à des millions de dollars globalement. La caractérisation phénotypique et moléculaire de l’agent responsable, Escherichia coli, peut servir à sa surveillance épidémiologique. C’est dans ce contexte que la présente étude, qui constitue la première partie d’un projet du Biomonitoring des pathogènes aviaires par approches de génomique comparative, a été réalisée.
49 souches d’E. coli d’origine aviaire isolées à partir de 4 régions différentes du Maroc sont caractérisées dans la présente étude. Les souches d’E. coli ont été identifiées comme telles par isolement sur la gélose Eosine Methylen Blue (EMB) et par caractérisation biochimique au moyen de la galerie api20E. Les antibiogrammes des 49 souches ont été réalisés, avec 9 antibiotiques testés : L’amoxicilline, la tétracycline, la doxycycline, l’enrofloxacine, les sulfaméthoxazole-triméthoprime, le florfénicol, la fluméquine, la fosfomycine, et la colistine. Les niveaux d’antibiorésistance étaient les plus élevés pour l’amoxicilline, la tétracycline, la doxycycline, la fluméquine, l’enrofloxacine, le sulfaméthoxazole-triméthoprime. La résistance était moyenne pour le florfénicol, et basse pour la fosfomycine et surtout la colistine. La multirésistance a été très élevée, avec 86 % des souches résistantes à au moins 2 antibiotiques, et 16 % des souches résistantes à 8 des antibiotiques testés. Le sérotypage conventionnel avec 3 antisérums (O78, O2 et O1) des 49 souches a montré que seulement 8 % des souches appartenaient au sérotype O78, 4 % au sérotype O2 et 2 % au sérotype O1. En revanche 86 % des souches restants appartenaient à d’autres sérotypes. 12 souches ont été choisies pour l’identification moléculaire par le séquençage du gène 16S dont 7 ont généré des séquences de bonne qualité. La séquence la plus proche correspondante sur BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) a été retrouvée pour chacune des 7 souches. Trois autres souches de référence ont été également sélectionnées. L’ensemble de toutes ces séquences ont été alignées sur le logiciel BioEdit puis un arbre phylogénétique de l’ensemble a été construit par le logiciel MEGA11. |
| En ligne : | http://10.2.0.27/PDF_CDA/uploads/PDF/EL MAINTAGUY Mohamed Amine.pdf |
Exemplaires (1)
| Code-barres | Cote | Support | Localisation | Section | Disponibilité |
|---|---|---|---|---|---|
| 100002208 | 9650 | Support papier | Salle des thèses/PFE (RDC) | Docteur vétérinaire | Consultation sur place Exclu du prêt |
