| Titre : | Analyse moléculaire et phylogénétique du génome complet du virus de l'influenza aviaire faiblement pathogène H9N2 par séquençage de nouvelle génération (NGS) |
| Auteurs : | HIDJI Wissal, Auteur ; FELLAHI Siham, Auteur |
| Type de document : | texte imprimé |
| Editeur : | Rabat : IAV Hassan II, 2026 |
| Format : | 204 pages |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | influenza aviaire faiblement pathogène ; H9N2 ; Maroc ; séquençage de nouvelle génération (NGS) ; génome complet ; phylogénie ; diversité génétique ; substitutions d’acides aminés ; évolution moléculaire. |
| Résumé : |
L’influenza aviaire faiblement pathogène de sous-type H9N2 constituait une infection virale
importante pour l’industrie avicole mondiale. Depuis sa première détection au Maroc en 2016, ce virus s’était établi dans les élevages avicoles marocains et avait continué à y circuler au cours des années suivantes. En raison de son évolution génétique continue, une surveillance moléculaire régulière s’était avérée nécessaire afin de suivre sa dynamique évolutive. L’objectif de cette étude était de caractériser les virus H9N2 circulant au Maroc entre 2017 et 2026 à l’aide des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS), d’analyser leurs relations phylogénétiques et d’évaluer leur diversité génétique à travers les huit segments du génome viral. Quarante-trois échantillons provenant d’exploitations avicoles marocaines avaient été analysés. Les valeurs de Ct obtenues par RT-qPCR avaient varié de 10,84 à 30,95. Les concentrations d’ARN avaient varié de 56,25 à 889,7 ng/µL, tandis que les rapports de pureté A260/A280 et A260/A230 avaient présenté des valeurs comprises respectivement entre 1,58 et 3,51, et entre 0,45 et 3,32. Après contrôle de la qualité des données de séquençage et reconstruction des séquences consensus, vingt isolats avaient été retenus pour les analyses génomiques. Dix-neuf isolats avaient présenté une couverture génomique complète de 100 %, tandis qu’un isolat avait présenté une couverture de 69,6 %. L’analyse phylogénétique des huit segments génomiques (HA, NA, PB2, PB1, PA, NP, NS et M) avait montré une proximité persistante entre les isolats marocains et plusieurs souches H9N2 marocaines antérieurement décrites. Les isolats de 2017 et certains isolats de 2022 avaient été associés à des souches marocaines historiques de 2016–2017, tandis que la majorité des isolats obtenus entre 2023 et 2025 s’étaient regroupés avec des souches marocaines plus récentes. Des différences de topologie avaient toutefois été observées selon les segments. Des proximités avec plusieurs souches africaines, notamment originaires d’Algérie, de Tunisie, du Bénin, du Sénégal, du Nigeria, de Mauritanie et du Togo, avaient également été observées selon les segments analysés. La comparaison avec les représentants de la classification mondiale proposée pour les virus A/H9 n’avait pas permis de rattacher directement les isolats marocains aux groupes représentatifs considérés, soulignant la nécessité d’une meilleure représentation de la diversité marocaine et africaine dans les analyses phylogénétiques. IV L’analyse de la diversité génétique du segment HA avait mis en évidence une augmentation progressive de la divergence nucléotidique entre les isolats historiques et les isolats récents, tandis que les isolats récents étaient restés faiblement divergents entre eux, traduisant une relative homogénéité génétique de ce groupe. Les autres segments avaient présenté des niveaux de divergence variables, avec une conservation plus importante entre certains isolats et une diversification plus marquée pour d’autres, témoignant d’une évolution génétique différente selon les segments viraux. L’analyse des substitutions d’acides aminés avait mis en évidence plusieurs variations dans les protéines virales étudiées. Au niveau de HA, le site de clivage était resté monobasique, avec une conservation majoritaire du motif RSSRGLF, tandis que certains isolats récents avaient présenté la substitution R327K conduisant au motif KSSRGLF. Le résidu leucine en position 226 du site de liaison aux récepteurs avait été conservé. Plusieurs substitutions avaient néanmoins été identifiées dans différentes régions de HA, notamment A190T et A190V, ainsi qu’au niveau de sites antigéniques et de la région HA2. Plusieurs motifs potentiels de N glycosylation, dont la majorité était conservée entre les séquences analysées, ont également été identifiés. L’analyse des séquences protéiques de NA avait montré une conservation relativement importante chez les isolats marocains les plus anciens, notamment ceux de 2017 et 2022, tandis que les isolats plus récents, collectés entre 2023 et 2026, avaient présenté davantage de substitutions. Certaines substitutions, notamment A50T, K261R, N329D et S390A, avaient déjà été rapportées chez des isolats marocains antérieurs, avec une fréquence particulièrement élevée de K261R dans les isolats étudiés. Les séquences de PB2 avaient également présenté plusieurs variations, dont A588V, tandis que les protéines PB1, PA, NP, NS1, NS2 et M2 avaient montré différents niveaux de variabilité. La protéine M1 était restée relativement conservée sur les positions analysées. Dans l’ensemble, les résultats avaient mis en évidence une diversification génétique des virus H9N2 étudiés au Maroc entre 2017 et 2026, avec des profils de variation différents selon les segments et les protéines virales. Cette étude avait ainsi permis de caractériser, à partir du génome complet, les relations phylogénétiques et la diversité moléculaire des virus H9N2 marocains et avait souligné l’intérêt d’une surveillance génomique régulière pour suivre leur évolution au sein des populations avicoles marocaines. |
| Examinateur : | EL HOUADFI Mohamed/PIRO Mohamed/ARBANI Oumayma |
| Président : | FASSI FIHRI Ouafaa |
| Rapporteur : | FELLAHI Siham/KHAYI Slimane |
| En ligne : | http://10.2.0.27/PDF_CDA/uploads/PDF/HIDJI_Wissal_2026_10992.pdf |
Exemplaires (2)
| Code-barres | Cote | Support | Localisation | Section | Disponibilité |
|---|---|---|---|---|---|
| 200042599 | 10992 | Support papier | Salle des thèses/PFE (RDC) | Docteur vétérinaire | Consultation sur place Exclu du prêt |
| 200042600 | 10992 | Support papier | Salle des thèses/PFE (RDC) | Docteur vétérinaire | Consultation sur place Exclu du prêt |
