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Résumé :
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La culture de la tomate est la deuxième culture légumière mondiale, avec une production de 186 millions de tonnes en 2022. Cependant, cette culture intensive repose largement sur l'utilisation d'engrais et de pesticides, ce qui entraîne des conséquences néfastes pour l'environnement, notamment en termes de sécurité alimentaire. Face à ces enjeux, les pratiques agricoles durables sont de plus en plus mises en avant, et l'une des solutions prometteuses est l'utilisation des rhizobactéries promotrices de la croissance des plantes (PGPR). Ces micro-organismes améliorent la croissance des plantes via différents mécanismes, facilitant la nutrition minérale, la production de phytohormones et la protection contre les agents pathogènes. Dans ce contexte, le présent travail, avait pour objectif principal d’isoler et d’évaluer l'effet biostimulant et bioprotecteur de différentes souches de PGPR à partir de plants de tomate. Dans ce sens, des protocoles d’isolement ont été appliquées, ensuite des tests biochimiques ont été réalisé pour évaluer la capacité des souches à produire la catalase, fixer l’azote, solubiliser le phosphate et produire l’auxine, ainsi qu’un test de confrontation in vitro contre l’agent phytopathogène Botrytis cinerea. Des essais de germination in vitro et des essais in vivo sous serre ont aussi été réalisés sur deux variétés de tomate. A l’issue du protocole d’isolement, 42 souches endophytes et ectophytes ont été isolées. La caractérisation biochimique a montré que les souches TCR2, TCR9, TNR16, TNR17 et TNT29 possèdent une capacité élevée de solubilisation du phosphate et de production de l’acide indole-acétique. Lors des tests in vitro d'antagonisme, les souches TCR9, TCR20, et TNR45 ont inhibé significativement la croissance de B. cinerea, avec des pourcentages d'inhibition respectifs de 44 %, 45 %, et 40 %. L’essai de germination in vitro des graines de tomate a montré la capacité des souches TCR9 et TNT29 à augmenter aussi bien la vitesse de germination, que l'indice de vigueur des plantules de plus de 50 % par rapport au témoin. L’essai sous serre a montré que la souche TNT29 et le consortium endophyte, ont favorisé une croissance significative de la hauteur des tiges atteignant des hauteurs moyennes de 50,2 cm, et 51,2 cm respectivement comparé au témoin (30 cm) et ont entrainer une augmentation notable de la teneur en chlorophylle de 12 % et 20 % pour la variété MIR91. Chez la variété BACCOF1, les traitements TNR16 et consortium endophyte se démarquent par une longueur racinaire significative, soit une augmentation de 36,36 % et 45 % par rapport au témoin. L’identification par analyse MALDI-TOF a mis en évidence que les souches isolées appartenaient aux genres : Bacillus, Pseudomonas, Pantoea et Flavobacterium. Ces résultats ouvrent la voie à de futures recherches visant à optimiser l'emploi des souches de PGPR en tant que biofertilisants et biopesticides. L'amélioration de l'utilisation de ces micro-organismes dans les pratiques agricoles pourrait non seulement accroître la productivité des cultures, mais aussi participer à la protection de l'environnement en réduisant l'empreinte chimique.
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